Linia kolejowa z Krakowa na południe powstała w drugiej połowie XIX wieku kiedy południowa część Polski – Galicja wchodziła w skład Cesarstwa Austro-węgierskiego. Stanowiła ona część Galicyjskiej Kolei Transwersalnej biegnącej u podnóża Karpat z obecnej Słowacji przez Polskę aż po Ukrainę.   Początkowo linia ta miała za zadanie umożliwić szybszą komunikację regionu ze stolicą w Wiedniu. Ponadto miała przyspieszyć rozwój gospodarczy peryferyjnych górskich obszarów a także umożliwić szybki transport dla wojska. Ta malowniczo położona trasa biegnie przez kilka małopolskich miasteczek: Skawinę, Kalwarię Zebrzydowską, Maków Podhalański. Ciekawostką, jest fakt, że część trasy prowadzi po przyszłym dnie sztucznego jeziora - zbiornika w Świnnej Porębie, którego budowa rozpoczęła się w 1986 roku.

Jedną ze stacji na tej trasie kolejowej jest Chabówka, gdzie mieści się obecnie skansen taboru kolejowego, skąd pochodzą wagony Lindy-pociągu. Kilkanaście lat po uruchomieniu Galicyjskiej Kolei Transwersalnej rosnąca popularność Zakopanego jako ośrodka uzdrowiskowego oraz atrakcji turystycznej zadecydowała o powstaniu w roku 1899 odnogi łączącej Chabówkę z Zakopanem. Ze stacji w Chabówce linia biegnie doliną Raby, wznosząc się z 448 do 711 m n.p.m., którą to wysokość osiąga w okolicy przystanku Pyzówka,na Przełęczy Sieniawskiej. Za przełęczą opada stromo w kierunku Nowego Targu, przed którym przekracza most na Czarnym Dunajcu.

Za Nowym Targiem linia biegnie doliną Białego Dunajca i ponownie wznosi się do aż Zakopanego, gdzie osiaga najwyższy punkt z całej trasy (835 m n.p.m.). Pierwszy odcinek linii jest bardzo kręty, co utrudnia prowadzenie pociągów, zwłaszcza w trudnych warunkach atmosferycznych.

W okresie międzywojennym trasę do Zakopanego obsługiwały pociągi z niemieckimi lokomotywami typu TKt1 oraz OKz32-2.

Jednak największą atrakcją na tej trasie cieszyły się spalinowe luksusowe pociągi o nazwie „Luxtorpeda”, która w 1936 r ustanowiła niepobity dotąd rekord na trasie Kraków-Zakopane – 2 godziny i 18 minut.

Trasa Kraków Zakopane w całości została zelektryfiowana dopiero w 1975 r. obecnie ten liczący 148 km odcinek, pociągi pokonują w około 4 h.